博物馆分科普厅和恐龙厅。科普厅设有奇石展区、宝玉石展区、古生物展区及地学科普知识展区。恐龙厅展有多具巨型恐龙骨架化石及珍贵的恐龙蛋、恐龙脚印化石等。

　　为了充分地发挥高校博物馆的社会教育职能， 1998年吉林大学博物馆面向社会开放，赢得了社会各界的一致好评。1999年，博物馆被中国科协命名为“全国科普教育基地”；同年被中国科技部、中宣部、教育部、中国科协命名为“全国青少年科技教育基地”；2002年博物馆被科技部、中宣部和中国科协联合授予“全国科普工作先进集体”。

　　建馆数十年来，博物馆一直遵循“科研、教学、科普”并重的方针，除了完成藏品的征集、研究和展示工作之外，还承担了大量的科研和对外交流工作。目前，博物馆已与国外10余所博物馆和国内百余所博物馆及高校博物馆建立了广泛的联系，在博物馆建设、学术研究、科学普及和展品交换等方面进行了广泛的交流，建立了多方面的合作关系。近年来，博物馆与美国普罗维敦斯学院合作开展了东北亚地区白垩纪早期哺乳动物演化的研究；与比利时皇家博物馆合作开展了我国东北地区恐龙动物群的研究；与日本福井恐龙博物馆开展了中日恐龙对比研究。